Agrégé d’histoire et ancien élève de l’École nationale d’administration (2002-2004), Étienne Champion a commencé sa carrière au ministère de la santé (direction de la sécurité sociale).

Il a été directeur général adjoint du département de la Seine-Saint-Denis pendant cinq ans (2007-2012), où il a piloté l’ensemble des politiques sociales et notamment la mise en œuvre opérationnelle des politiques médico-sociales, de protection maternelle et infantile, et de prévention sanitaire (tuberculose, infections sexuellement transmissibles).

Après être revenu au ministère de la Santé en tant que sous-directeur en 2012, il est ensuite successivement nommé conseiller social du Président de l’Assemblée nationale, directeur adjoint du cabinet de la ministre de l’égalité des territoires et du logement en 2013, directeur du cabinet de la secrétaire d’État chargée de la famille, des personnes âgées et de l’autonomie en 2014 puis directeur du cabinet de la ministre des Affaires sociales, de la Santé et des Droits des femmes en 2015, postes au cours desquels il a contribué à la conception de politiques sanitaires et médico-sociales nationales.

Il intègre la Cour des comptes en tant que conseiller maître en février 2017.